Lớp Học Điệp Viên Mùa 2 tiếp tục câu chuyện về những học viên trẻ tuổi đầy tài năng trong ngôi trường bí mật, nơi họ được đào tạo để trở thành những điệp viên tinh nhuệ. Ở mùa này, những thử thách và nhiệm vụ mà các học viên phải đối mặt trở nên nguy hiểm và phức tạp hơn, đòi hỏi họ phải vận dụng toàn bộ kỹ năng và sự thông minh để hoàn thành.
Nhân vật chính, Hiroshi, sau những thành công ở mùa đầu tiên, giờ đây phải đối mặt với một âm mưu toàn cầu nguy hiểm hơn. Không chỉ có những kẻ thù mới xuất hiện với kế hoạch thâm độc, mà cả những người bạn cùng lớp của cậu cũng bắt đầu bộc lộ những bí mật và động cơ ẩn giấu. Trong khi cố gắng cân bằng giữa lòng trung thành và sự nghi ngờ, Hiroshi phải học cách tin tưởng vào bản năng của mình và đồng đội để bảo vệ thế giới khỏi một mối đe dọa mới.
Lớp Học Điệp Viên Mùa 2 mang đến nhiều pha hành động mãn nhãn, cùng với những cuộc đấu trí căng thẳng, khi các học viên phải đối mặt với những tình huống sinh tử trong các nhiệm vụ bí mật. Phim không chỉ khai thác sâu về kỹ năng điệp viên mà còn về tình bạn, sự đoàn kết và những đấu tranh nội tâm khi họ phải đối mặt với những lựa chọn khó khăn.